Фамилия Епен — редкий пример того, как полное церковное имя сократилось до самой сердцевины, почти до корня. В её основе лежит имя апостола от семидесяти Епенета (I век н. э.), а точнее — его краткая форма Епен.

Епенет — фигура не самая известная, но упомянутая в Новом Завете. Апостол Павел в послании к Римлянам называет его «возлюбленным» и «начатком Ахаии», то есть первым обращённым в христианство в этой греческой области. Согласно церковному преданию, изложенному в Четьих-Минеях Дмитрия Ростовского, Епенет был епископом в Коринфе. Об обстоятельствах его смерти источники расходятся: в греческих минеях сказано кратко — «отошел ко Господу», но текст службы апостолу намекает на мученическую кончину: «Епенет чудный, проповедник славный, прославляется, как подъемший страсть, претерпевший мученическую кончину».

Именно от этого апостольского имени и пошла фамилия. Словообразовательная модель здесь простая: от краткой формы Епен (как Иван — Ваня, Епенет — Епен) прибавили нулевое окончание. Фамилия застыла в мужском роде, без типичных русских суффиксов -ов или -ин, что указывает на её позднее происхождение или на то, что она могла сложиться в среде, где имя использовали как прозвище без дополнительного оформления.

Фамилия Епен — штучная. Она не встречается массово, и её география, скорее всего, ограничена южнорусскими или украинскими землями, где были сильны традиции именования по святцам, но при этом допускали сокращения имён до простых и звучных форм. Память апостола Епенета отмечается 12 августа и 17 января — в день Собора апостолов от семидесяти.