Фамилия Екиль — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначному прочтению, и это делает её особенно интересной для этимолога. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что сразу указывает на нерусское или позднее происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, застывшая в форме чистого прозвища или имени, без дополнительного оформления.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В них корень «ек» или «эки» означает «два» (ср. турецкое iki, казахское екі). В таком случае Екиль — это вариант личного имени или прозвища, которое могли дать второму сыну в семье. Подобная модель (именование по порядку рождения) широко распространена у многих народов: достаточно вспомнить татарские фамилии Биктемир (от «бек» и «темир») или тюркские числительные в основе. Мягкое окончание на «-иль» может быть результатом адаптации тюркского слова через русскую речь или местным диалектным произношением.

Менее надёжная, но возможная гипотеза — происхождение от крестильного имени Иоаким (в просторечии Яким, Аким). При сильном искажении или перестановке звуков в устной речи «Аким» мог превратиться в «Екиль». Однако для такого перехода нет убедительных фонетических закономерностей, и эта версия остаётся лишь догадкой.

География фамилии тоже подсказывает её корни. Екиль встречается в основном среди русских и татар Поволжья и Приуралья, а также у башкир. Это регион, где веками шло смешение славянского и тюркского населения, что и породило множество фамилий с неочевидной этимологией. Носители фамилии — потомки людей, которых в XV–XVII веках называли по тюркскому обычаю «вторым» или по какому-то иному прозвищу, а затем это прозвище закрепилось за родом без изменений.

Интересно, что фамилия не получила распространения за пределами этого ареала и не «обросла» вариантами вроде Екилев или Екильев, которые появились бы, если бы её осознали как русскую. Отсутствие таких форм — ещё одно доказательство её прямого, неадаптированного происхождения.