Фамилия Екмальян — редкий пример армянской фамилии, чья основа уходит в арабский язык. В отличие от множества русских фамилий на -ов/-ев, здесь работает армянская патронимическая модель: суффикс -ян (или -ан) означает «принадлежащий к роду, потомок». Без этого суффикса остаётся корень Екмаль, который и определяет значение.

Самая правдоподобная версия связывает основу с арабским именем Акмаль (أكمل), что переводится как «самый совершенный, полный, завершённый». В арабо-мусульманском мире это имя известно, а в армянской среде, особенно среди армян, живших в Персии или Османской империи, такие заимствования не редкость. При переходе в армянскую речь начальное «а» могло перейти в «е» (явление, известное в диалектах), так что Екмаль — это диалектная форма Акмаля. Итог: Екмальян — «потомок Акмаля (Совершенного)».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «екмек» (хлеб, еда). В этом случае фамилия могла бы указывать на занятие предка — пекаря или кормильца. Однако отсутствие в фамилии типичного тюркского суффикса (вроде -лы, -чи) и чёткая армянская модель образования делают эту версию слабой. Если бы фамилия была тюркской, она скорее звучала бы как Екмекчиян или Екмекли.

Географически фамилия Екмальян встречается в основном у армянских общин, вышедших из Западной Армении (исторические земли в пределах современной Турции) и Ирана. В России она редка, что делает её носителей носителями довольно узкой, но чёткой исторической традиции. Сословной истории у фамилии нет: как и большинство армянских фамилий, она оформилась относительно поздно (в XIX — начале XX века) и фиксировала не социальный статус, а имя родоначальника.