Фамилия Екпеп — редкая и нестандартная для русского языка. Её происхождение почти наверняка не связано со славянской ономастикой, а сама фамилия, скорее всего, является искажённой записью илиноязычной фамилии при переписи населения.

Первое, что бросается в глаза — отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский). Это указывает на то, что перед нами не «фамилия-отчество» (как Иванов — сын Ивана), а, вероятно, фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в исходном виде было зафиксировано без переделки на русский лад. Чаще всего так случалось с фамилиями тюркского, финно-угорского или кавказского происхождения, особенно если носитель был крещён, но его родовое имя осталось в первоначальной форме.

Вторая особенность — сочетание «Ек» в начале. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) корень «ек» может означать «иго», «ярмо», а также встречается в личных именах (например, Екбай — «богатый, как иго», то есть тянущий на себе хозяйство). Однако вариант «Екпеп» не является типичным ни для одного из известных тюркских имён. Наиболее правдоподобное объяснение — это искажение при записи фамилии Екпек или Екпеев. В русских документах XIX — начала XX века, особенно при переписях в Поволжье или на Урале, писцы часто записывали фамилии на слух, и сложные для русского уха окончания «-ек», «-еп» могли превратиться в «-пеп». Так, фамилия Екпек (от тюркского «екпек» — «хлеб», в переносном значении «кормилец») могла быть записана как Екпеп.

Третья версия, менее вероятная, но возможная для южных регионов — связь с греческим или армянским корнем. В греческом «ек» (εκ) — предлог «из», «от», но в фамилиях он почти не встречается отдельно. В армянском языке есть фамилии, начинающиеся на «Ек-» (например, Екмалян), но «Екпеп» не вписывается в армянскую словообразовательную модель.

Географически фамилия Екпеп, судя по единичным упоминаниям, встречается в России крайне редко, в основном в регионах с татарским или башкирским населением (Татарстан, Башкортостан). Это косвенно подтверждает тюркскую версию. Если ваши предки были крестьянами или мещанами из этих мест, то, скорее всего, их фамилия — русифицированная запись тюркского прозвища, которое в оригинале звучало как Екпек (кормилец, хлеб) или Екбай (богатый хозяин). Точный смысл сегодня восстановить трудно, но ясно одно: корни фамилии — не в русском языке, а в культуре народов Поволжья или Урала.