Фамилия Экземплярский — редкий случай в русской ономастике, где книжное, почти канцелярское слово стало основой для родового имени. Если большинство фамилий на -ский образованы от географических названий (Тверской, Ростовский) или церковных праздников (Рождественский, Успенский), то здесь источник — латинское exemplar через польское посредство, означающее «образец», «пример». В русском языке XVIII–XIX веков слово «экземпляр» имело не только значение отдельного предмета из ряда, но и оттенок «образцовый», «достойный подражания».

Фамилия, скорее всего, искусственного происхождения — её давали в духовных семинариях. В среде русского духовенства в XVIII–XIX веках была распространена практика заменять бытовые фамилии учеников на более благозвучные, часто с латинскими или греческими корнями. Экземплярский мог получить выпускник, отличавшийся примерным поведением или отличной учёбой — как «образцовый» воспитанник. Суффикс -ский указывает на принадлежность или свойство, то есть фамилия буквально означает «принадлежащий к образцу», «образцовый».

Встречаются и другие версии, но менее убедительные. Например, что фамилия произошла от прозвища «Экземпляр» — так могли назвать человека, который всегда служил примером, или, напротив, педантичного до занудства. Однако для русского бытового прозвища слово слишком книжное, а для фамилии из семинарской среды — самое то.

Географически фамилия редкая, её носители встречаются в центральных губерниях России, а также на Урале и в Сибири, куда ссылали или переводили священнослужителей. В дореволюционных адрес-календарях можно найти Экземплярских среди преподавателей духовных училищ и семинарий, что подтверждает семинарскую версию.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими же «книжными» семинарскими фамилиями, как Цветаев, Беневоленский, Сперанский. Но если те образованы от латинских или греческих слов, то Экземплярский — редкий пример, где основа взята напрямую из обиходного русского языка того времени, хоть и с латинскими корнями.