Фамилия Эльперина — редкий случай, когда основа не оставляет сомнений в происхождении, но заставляет задуматься о пути, которым фамилия вошла в русский язык. Это однозначно фамилия еврейского происхождения, и её ядро — мужское личное имя Эльперин. Само имя восходит к идишу или ивриту: в его основе лежит словосочетание «Эль Пе́рец» (אל פרץ), что можно перевести как «Бог прорвал» или «Бог разорвал». Это отсылка к библейскому сюжету: в Книге Бытия так назван один из сыновей Иуды, Перец (Фарес), чьё имя истолковывается как «прорыв», «разрыв». Таким образом, имя Эльперин — это теофорное имя, то есть включающее в себя имя Бога (Эль), и пожелательное или благодарственное по смыслу: «Бог даровал прорыв» или «Бог разрешил от бремени».

По модели образования фамилия Эльперина — это матроним, то есть образована от женской формы имени. В еврейской традиции, особенно в местечках Восточной Европы, фамилии часто давали по имени матери, если она была более известна или если отец умер рано. Суффикс -ин в русском языке стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Эльперина, то есть «дочь Эльперины» или «жена Эльперина». Мужской вариант фамилии — Эльперин — встречается чаще, а форма на -а указывает на женщину, но в качестве наследственной фамилии могла закрепиться и за потомками по женской линии.

Географически фамилия Эльперин (и её женская форма) наиболее характерна для еврейских общин Литвы, Беларуси и Украины — регионов, где был распространён идиш. В Российской империи такие фамилии фиксировались в черте оседлости. Интересно, что при переходе в русский язык возможны варианты написания: Эльперин, Эльперин, иногда Эльпейрин. Форма Эльперина — более редкая, и, скорее всего, она указывает на конкретную женскую линию в роду, а не на то, что фамилия была дана женщине как главе семьи — в официальных документах XIX века женщин часто записывали по мужу или отцу, но если фамилия закрепилась в форме матронима, это говорит о сильном влиянии материнской ветви.

Социальный контекст прост: носители фамилии — потомки еврейских местечковых семей, чаще всего ремесленников, торговцев или раввинов. Имя Перец (в составе Эльперин) было популярным, поэтому фамилия не единична, но и не широка. В современной России и странах бывшего СССР фамилия Эльперина встречается рассеянно, без выраженного регионального центра.