Фамилия Эльпинер стоит особняком в русском ономастиконе: её не объяснишь через привычные суффиксы -ов или -ин, а корень не отыщешь в словарях древнерусских прозвищ. Это яркий пример фамилии, принесённой в Россию еврейскими переселенцами из Восточной Европы, скорее всего, с территории современной Украины, Беларуси или Польши. Основа — идишское или ивритское слово, а сама фамилия образована по модели, типичной для ашкеназских фамилий, которые нередко заканчиваются на -ер, обозначая профессию или место жительства.

Наиболее убедительная версия связывает Эльпинер с топонимом Эльпин (Elpin). В Восточной Европе существовали местечки с похожим названием, например, Эльпин в Галиции (ныне территория Западной Украины). Суффикс -ер в таком случае указывал на выходца оттуда: «Эльпинер» — «тот, кто из Эльпина». Такая модель словообразования — одна из самых распространённых среди еврейских фамилий: Варшавер (из Варшавы), Лондонер, Берлинер. Если предположить, что предок носителя фамилии перебрался из этого местечка в более крупный город или в Российскую империю, прозвище по месту прежнего жительства закрепилось как фамилия.

Встречается и альтернативное толкование, хотя оно менее надёжно. Иногда корень «эльп» связывают с идишским словом «эльпн» — «помогать». Тогда фамилия могла бы означать «помощник». Однако в еврейской ономастике фамилии от глаголов в такой форме — редкость, и версия с географическим названием выглядит гораздо естественнее. Профессиональная же привязка (например, к ремеслу) для этой фамилии не прослеживается.

Фамилия Эльпинер — относительно редкая. Встречается в основном у потомков еврейского населения черты оседлости, а после миграций конца XIX — начала XX века — и в США, Израиле, Германии. В России её можно найти в старых метрических книгах Киевской, Волынской и Подольской губерний. Сословно носители фамилии чаще всего относились к мещанам или купцам, но не к дворянству — это характерно для большинства еврейских фамилий, полученных в ходе массового присвоения фамилий в Российской империи в начале XIX века.

С точки зрения языка, фамилия не склоняется по падежам в мужском роде, если её носитель — мужчина: «к Ивану Эльпинер», «у Петра Эльпинер». В женском варианте фамилия остаётся неизменной: «Мария Эльпинер». В дореволюционных документах могла писаться через «ъ» на конце — Эльпинеръ, но это лишь дань орфографии того времени.