Фамилия Елсуфьев образована от мужского имени Елсуфий. Это имя — не самостоятельное, а одна из народных, «бытовых» форм греческого канонического имени Евсевий, что значит «благочестивый». В русской устной традиции Евсевий переделали в Елсевия, а затем — в Елсуфия. Такие фонетические изменения — обычное дело для имён, которые звучали непривычно для славянского уха.

Есть и вторая версия: имя Елсуфий могли вывести от другого греческого имени — Евтихий («счастливый»). Обе гипотезы правдоподобны, потому что оба исходных имени дали на русской почве множество похожих вариантов. Выбрать одну из них сложно: и «благочестивый», и «счастливый» одинаково подходят для крестильного имени.

Интересно, что этот же корень дал и фонетический вариант Олсуфий. Он был в ходу ещё в XIX веке — именно так зовут персонажа повести Ф. М. Достоевского «Двойник», Олсуфия Ивановича. А в более ранних документах встречается, например, помещик Елсуфий Жидовинов (1519 год, Переяславль) — его упоминает историк С. Б. Веселовский.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе Елсуф- добавлен суффикс -ьев, указывающий на принадлежность («чей?» — Елсуфьев). Это типичная русская фамилия, которая закрепилась за потомками человека по имени Елсуфий.