Фамилия Елянюшкин — редкий пример того, как суффикс -ушк- в русских фамилиях превращает исходное имя не просто в уменьшительное, а в ласкательно-пренебрежительное. Обычно такие формы давали детям или младшим членам семьи: если человека звали Еляня, то Елянюшка — это уже «маленький, любимый Еляня». В основе фамилии лежит разговорная форма канонического крестильного имени Елисей (от древнееврейского «Элиша» — «Бог спасение»). В народной среде Елисей превращался в Елю, Еляню, отсюда и пошёл Елянюшка — тот, кого так называли в быту.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Елянюшкин, то есть сын Елянюшки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Но вот что интересно: суффикс -ушк- крайне редко закрепляется в фамилиях. Обычно он оставался в обиходе, а в документах фиксировали более «взрослую» форму — Елянин или Елянов. Елянюшкин — исключение, которое говорит о том, что прозвище прижилось и передалось по наследству именно в этой ласкательной огласовке.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке. В этих краях имя Елисей было популярно в XVII–XVIII веках, и местные говоры охотно редуцировали полные формы до коротких «Еля». Встречается фамилия и у старообрядцев — они часто сохраняли архаичные имена и прозвища, которые в центральной России уже вышли из употребления.

Спорных версий происхождения здесь немного. Иногда основу пытаются связать с диалектным глаголом «елянить» (в некоторых говорах — «медлить, тянуть»), но это маловероятно: суффикс -ушк- в прозвищах от глаголов нехарактерен, а имя Елисей даёт более простое и убедительное объяснение. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Елянин, Еляков, Елисеев — все они восходят к тому же источнику, но Елянюшкин выделяется своей «детской» интонацией, застывшей в официальном родовом имени.

Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми: фамилии с уменьшительно-ласкательными суффиксами редко встречаются у дворянства, которое предпочитало формы на -ов/-ев от полных имён. В переписных книгах XVIII века Елянюшкины могли записываться как «Елянюшка Иванов сын» — и лишь к середине XIX века фамилия окончательно закрепилась в современном виде.