Фамилия Емалеева образована от мужского имени Емалей, которое в свою очередь является просторечной формой канонического имени Емельян (церковнославянское Емилиан). Основа восходит к латинскому Aemilius — «ревностный, соперник». Усечение и замена «ль» на «л» в народном говоре дали форму Емалей, а суффикс -ев (-ова) указал на принадлежность: Емалеева буквально значит «дочь или жена Емалея».

Модель образования типична для русских фамилий: от краткого обиходного имени с помощью притяжательного суффикса. Редкость фамилии в том, что она сохранила фонетически изменённый вариант — не Емельянов, а Емалеев. В старых переписях встречаются обе формы: Емалей и Емельян как одно и то же имя, записанное по-разному в зависимости от диалекта. В северных и волжских говорах «яканье» и редукция гласных давали именно Емалей, поэтому географически фамилия чаще встречается в Поволжье и на Русском Севере.

С точки зрения социальной истории, предок-носитель имени Емалей мог быть крестьянином или посадским человеком — среди дворянства такие усечённые формы почти не фиксировались. В документах XVII–XVIII веков имя Емалей нередко у крестьян Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. Таким образом, фамилия Емалеева — не случайная описка, а живое свидетельство того, как в разговорной речи перерабатывались церковные имена, и эта народная форма закрепилась в родовом прозвании.