Фамилия Эмануэль стоит особняком в русском ономастиконе — она не крестьянская, не дворянская по происхождению и вообще не восточнославянская по модели. Это библейское личное имя, которое пришло в русский язык через греческое посредничество из древнееврейского: עִמָּנוּאֵל (Иммануэль) означает «с нами Бог». В русской православной традиции имя закрепилось в форме Еммануил, а в католической и протестантской — Эммануэль или Иммануил. Фамилия Эмануэль — это, по сути, патроним, то есть «сын Эмануэля», но образованный не русскими суффиксами, а западноевропейским способом: фамилия просто совпадает с исходным именем.

Носители фамилии Эмануэль в Российской империи — это почти всегда люди, не входившие в основную массу православного населения. Самый вероятный путь появления фамилии — через еврейские общины западных губерний, где имя Эмануэль (в идишской огласовке Мендл или Эммануэль) давали мальчикам, а при переходе к обязательным фамилиям в начале XIX века его оформили без изменений. Другой, более редкий вариант — потомки выходцев из немецких княжеств, лютеране или католики, осевшие в России по приглашению Екатерины II. В отличие от фамилий вроде Эмануэлов или Эмануэльский, которые уже приспособлены к русской грамматике, форма без суффикса указывает на то, что семья долго сохраняла иноязычную традицию именования.

В русской истории фамилия известна прежде всего по династии врачей и общественных деятелей. Самый знаменитый носитель — Георгий Арсеньевич Эмануэль (1775–1837), генерал от кавалерии, герой Отечественной войны 1812 года, а позже наказной атаман Кавказского линейного казачьего войска. Любопытно, что он был сербом по происхождению, а его настоящая фамилия — Манойлович — в русской армии была переделана в Эмануэль по созвучию с именем отца. Этот случай показывает, что фамилия могла возникать не только как прямой патроним, но и как вторичная русификация иностранного антропонима.

С точки зрения словообразования фамилия относится к редкой для России группе «чистых» патронимов без суффикса — таких, как Давид, Соломон, Абрам. В русской среде они всегда воспринимались как нерусские, часто еврейские или немецкие. Сегодня фамилия Эмануэль встречается в основном в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область), что связано с переселением черкесских евреев и горских евреев в XIX–XX веках, а также в крупных городах, куда переезжали потомки немецких колонистов.