Фамилия Ембахтова — женская форма фамилии Ембахтов. В основе, скорее всего, лежит прозвище или неканоническое имя Ембахт, которое образовано от двух тюркских корней. Первый — «ем» («лекарство», «целебное средство»), второй — «бахт» («счастье», «доля», «удача»). В буквальном смысле Ембахт могло означать «лекарство-судьба» или «счастье как целитель», то есть имя-пожелание, чтобы ребёнок приносил удачу и здоровье.

Суффикс -ов в мужском варианте указывает на принадлежность: Ембахтов — сын Ембахта. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ в XVI–XVII веках. Женская форма Ембахтова — это грамматическое притяжательное прилагательное, закреплённое в документах.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в Поволжье, особенно в Татарстане и соседних областях. Это не случайно: тюркские имена и прозвища активно входили в русскую ономастику на территориях с татаро-башкирским населением. Предки Ембахтовых могли быть крещёными татарами, служилыми людьми или крестьянами, получившими фамилию по имени домовладельца.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых метриках встречается и Ембахтов, и Ембатов (с утратой «х»), но современный стандарт закрепил форму с «х». Других версий происхождения, например от русского слова «ем» (форма глагола «есть»), нет — это лингвистический тупик, не дающий осмысленной семантики.