Фамилия Эмбаухова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа, «Эмбаух», явно не славянская, и чтобы понять фамилию, нужно смотреть не в сторону древнерусских прозвищ, а на карту.

Скорее всего, корень фамилии — топоним Эмбау (Embau). Так называлась река и местность в исторической области Курляндия (современная Латвия). Немецкое поселение Эмбау (ныне латвийский Иецава) было известно с XVI века. Фамилия Эмбаухов/Эмбаухова могла возникнуть у выходца оттуда: «Эмбаух» — человек с Эмбау. Суффикс -ов/-ев указывает на русскую адаптацию, характерную для обрусевших немецких, польских или латышских фамилий. Женская форма Эмбаухова — естественное русское окончание для жены или дочери носителя мужской фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, — от немецкого слова Embau (внедрение, встройка) как прозвища строителя или плотника. Но для прозвища форма слишком книжная и редкая, а топонимическое объяснение проще и логичнее. Фамилия могла появиться в среде остзейских немцев, служивших в Российской империи, или среди крестьян, переселившихся с запада.

С точки зрения морфологии, фамилия уникальна: в русском ономастиконе нет однокоренных ей. Она стоит особняком, и её носители, скорее всего, имеют общее происхождение из одной семьи или небольшой группы переселенцев. Географически фамилия крайне редка, и её поиск — это почти всегда работа с конкретной родословной, а не с массовым явлением.