Фамилия Эмбердин — редкий случай, когда иноязычная основа перешла в русскую фамилию с сохранением почти полной прозрачности. В её основе лежит тюркское или арабо-тюркское слово «амбер» (анбар), которое в русском языке закрепилось как «амбар» — строение для хранения зерна и припасов. Суффикс «-дин» — это не типичный русский фамильный формант, а, скорее всего, искажённый тюркский компонент «-дын» или «-дин», означающий принадлежность («из амбара», «амбарный»). Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище по месту жительства или работы: человек, живший при амбаре, или амбарный сторож.

Интересно, что в фамилии произошла характерная для русской речи замена начального «а» на «э» — явление, типичное для заимствований через устную речь, особенно в южнорусских и поволжских говорах. Если бы фамилия формировалась в книжной среде, мы бы увидели «Амбердин». Встречающееся написание через «Э» указывает на то, что прозвище бытовало в среде, где звук «а» в начале слова произносили более закрыто, почти как «э».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где традиционно было сильно тюркское влияние и где амбары были центральными хозяйственными постройками — Поволжье, Приуралье, южные губернии. В сословном отношении носители фамилии почти наверняка были государственными или помещичьими крестьянами, реже — однодворцами. Дворянской ветви у Эмбердинов не прослеживается: фамилия слишком «хозяйственная» и прозрачная по происхождению, чтобы попасть в гербовники.

Редкость фамилии объясняется тем, что она образована по модели, нетипичной для русского языка: суффикс «-дин» не входил в активный арсенал русских фамильных суффиксов (в отличие от «-ов», «-ин» или «-ский»). Это не вариант фамилии Амберов (от имени Амбер) и не искажение немецкой фамилии Эмберг — это самостоятельная, локальная по происхождению фамилия, сохранившая память о конкретном занятии предка.