Фамилия Эмбер — редкий случай, когда фамилия почти без изменений перешла в русский обиход из западноевропейских языков, сохранив исходное звучание и написание. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин или -ский, Эмбер не имеет типичного славянского форманта. Это прямая транслитерация, что сразу указывает на нерусское происхождение рода или на позднее появление фамилии в России.

Скорее всего, основа фамилии восходит к французскому слову ambre — «янтарь». В этом случае фамилия могла быть прозвищем или ремесленным именем. В средневековой Франции и соседних регионах так могли назвать человека, торгующего янтарем, ювелира, работающего с этим камнем, или же просто обладателя янтарного цвета волос или глаз. В ономастике такие «цветовые» прозвища встречаются повсеместно, и янтарный оттенок (от золотистого до медового) вполне мог закрепиться за человеком как отличительная черта.

Существует и альтернативная, менее вероятная версия — связь с английским словом ember («уголёк, тлеющая зола»). Однако написание через «э» и произношение с ударением на второй слог (Эмбе́р) тяготеют к французской, а не английской фонетике. В английском языке слово ember произносится с ударением на первый слог и звучит как «э́мбэ», что не совпадает с русской традицией передачи.

В России фамилия Эмбер встречается крайне редко, в основном в крупных городах (Москва, Санкт-Петербург). Появление её в метрических книгах XIX века может быть связано с переселенцами из Европы — французскими гувернёрами, мастерами, купцами, либо с обрусевшими потомками иностранцев, которые сохранили родовое имя без русификации. Фамилия не имеет отношения к дворянским титулам или сословным указателям: это типичная «именная» или «профессиональная» фамилия, закреплённая за конкретной семьёй.