Фамилия Эммер — редкий для России случай, когда корень не славянский, а немецкий. В подавляющем большинстве случаев её носили потомки немецких колонистов, переселявшихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, прежде всего при Екатерине II. Поэтому искать фамилию стоит не в древнерусских писцовых книгах, а в списках поволжских или причерноморских колоний.

Основа фамилии — немецкое слово «Emmer». У него два значения, и оба могли стать прозвищем первого носителя. Первое и самое вероятное — это вид пшеницы-двузернянки, полбы (лат. Triticum dicoccum). В Германии «Emmer» называли именно эту сельскохозяйственную культуру. Фамилию могли дать крестьянину, который выращивал полбу, торговал ею или владел полем, засеянным этим злаком. Второе значение — диалектное название ведра или бадьи (от лат. «amphora» через народную латынь). В этом случае прозвище мог получить бондарь или водонос.

Модель образования типична для немецких фамилий: основа без суффикса. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, немецкая фамилия часто не меняла форму и передавалась как есть. В России, попав в русскоязычную среду, она могла склоняться, но корень остался без изменений. Это делает фамилию Эммер ярким маркером немецкого происхождения предков.

Встречается фамилия не только в России, но и в Германии, Австрии, а также среди евреев-ашкеназов (иногда как вариант фамилии Эммерих или Эммерман). В русских документах XIX века у немцев Поволжья фамилия писалась последовательно — Эммер, без вариантов. Известный носитель — Мартин Эммер, один из первых исследователей немецких диалектов Поволжья, что косвенно подтверждает связь фамилии именно с той средой.

Если ваши предки — Эммеры, ищите их корни в немецких колониях на Волге (Саратовская, Самарская губернии) или в Причерноморье. Фамилия прямая, без дополнительных суффиксов, и её носитель, скорее всего, был хлебопашцем, имевшим дело с полбой, либо ремесленником, делавшим деревянные ведра.