Фамилия Ембергенова — яркий пример восточного имени, ставшего родовым прозвищем. Она образована от личного имени Емберген, которое, как и многие тюркские имена, составное. Первая часть, «ем», восходит к казахскому слову со значением «лекарство», «целебное средство». Вторая часть, «берген», переводится как «данный», «подаренный». Таким образом, имя Емберген в буквальном смысле означает «дарованный как лекарство» или «подаренный для исцеления».

Скорее всего, родители давали такое имя долгожданному или болезненному ребенку, желая ему здоровья и силы. Считалось, что имя-оберег, напрямую связанное с исцелением, убережет младенца от хворей. Такой способ именования — давать имя со значением «дар», «подарок судьбы» — вообще очень распространен в казахской и других тюркских ономастиках. Поэтому фамилия Ембергенова — это не просто семейное прозвище, а памятник народным верованиям и пожеланиям предков.

Фамилия зафиксирована в исторических документах. В Книге памяти Алматинской области есть запись о скотоводе Нурали Ембергенове, родившемся в 1889 году в селе Кашкасу Кармакчинского района Кзыл-Ординской области. Эта запись — редкое документальное свидетельство, которое связывает фамилию с конкретным человеком и местом, подтверждая её казахские корни и традиционный уклад жизни носителей.

С точки зрения словообразования, фамилия следует стандартной для русской передачи тюркских фамилий модели: к основе Емберген- добавляется типичный русский суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова). Такая модель в XIX–XX веках стала основной для оформления фамилий многих народов Российской империи, независимо от их исконных традиций.