Фамилия Эмдин — один из тех случаев, когда корень слова понятен, но его происхождение вызывает споры. Скорее всего, в основе лежит еврейское мужское личное имя Эммануил или его сокращённая форма Эмма. В таком случае фамилия Эмдин — это патроним, то есть «сын Эммы» или «потомок Эммануила». Суффикс «-ин» здесь стандартный для русской модели образования фамилий от имён, оканчивающихся на гласную (ср. Ильин, Фомин), хотя в еврейской среде этот суффикс мог присоединяться и к именам, адаптированным в быту.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с топонимом. На карте есть несколько населённых пунктов с похожим названием, например, деревня Эмдино в бывшей Псковской губернии. Если предки происходили оттуда, фамилия могла возникнуть как указание на место жительства: «Эмдин» — выходец из Эмдина. Эта гипотеза слабее, потому что фамилий, образованных от названия маленьких деревень, обычно больше, и они встречаются в тех же местах. Эмдины же распространены шире, особенно среди еврейского населения бывшей черты оседлости.

Интересная деталь: фамилия Эмдин почти не встречается в дворянских родословных книгах и в списках крестьян центральной России. Это указывает на то, что её носители — в основном выходцы из местечек и городов западных губерний, где в XIX веке активно шёл процесс присвоения фамилий еврейскому населению. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто выбирали по названию города, Эмдин — более «домашняя», личная, образованная от имени, которое носил реальный предок.