Фамилия Эмдина — женская форма, мужской вариант — Эмдин. Она встречается редко, и её происхождение неочевидно, что делает разбор особенно интересным. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в основе фамилии лежит либо прозвище, либо имя, оканчивающееся на -а или -я. Значит, предка могли звать Эмда, Эмдя или, что вероятнее, Эмда — такое прозвище или личное имя.

Корень «эмд-» не имеет славянского происхождения. Самая правдоподобная версия связывает фамилию с еврейской традицией. В идише и иврите существует мужское имя Эммануэль (сокращённо — Эмма, Эмми), но форма «Эмда» могла возникнуть как прозвище от того же корня или от слова «эмет» (истина) с диалектным изменением. Фамилии на -ин в еврейской среде встречаются, особенно у ашкеназов, живших на территориях Российской империи, где такие окончания прибавляли к основе по русской модели.

Менее вероятная, но возможная версия — тюркское происхождение. В башкирском и татарском языках есть слово «эм» (лекарство, средство) или «эмче» (знахарь). От него могли образовать прозвище Эмда (лекарь) или Эмде (с лечением). Тогда фамилия Эмдин/Эмдина могла возникнуть у тюркских народов, принявших русскую фамильную форму. Однако суффикс -ин для тюркских фамилий менее типичен, чем -ов, поэтому эта версия слабее.

Географически фамилия Эмдина почти не встречается в открытых базах данных — это редкая, штучная фамилия. Скорее всего, она возникла в черте оседлости (западные губернии Российской империи) или в среде еврейских переселенцев. В любом случае, носительница фамилии может с высокой вероятностью проследить корни до конкретного предка по мужской линии, который носил прозвище Эмда — будь то человек по имени Эммануэль или знахарь в тюркской общине.