Фамилия Эйдина — редкий случай, когда географический и языковой след почти наверняка ведёт не в славянскую среду, а в еврейскую. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев или -ин (хотя на слух воспринимается как «Эйдин + а», что похоже на женскую форму от Эйдин). На деле это фамилия, которая в исходном виде могла звучать как Эйдин или Эйдель, а при переезде носителей в Российскую империю получила типичное русское окончание -а по аналогии с женскими фамилиями.

Основа фамилии восходит к еврейскому мужскому имени Эйдл (или Эйдель), которое в ашкеназской традиции является уменьшительно-ласкательной формой от имени Ада (ивр. עדה — «украшение»). В идише это имя звучало как Эйдл, и от него по той же модели, что и от имён Берл, Герш, образовались фамилии с суффиксом -ин: Эйдин, Эйдельман, Эйдельштейн. Фамилия Эйдина — это, скорее всего, русифицированный вариант фамилии Эйдин, который закрепился в документах (например, в метрических книгах или паспортах) как женская форма или просто как фонетическая запись.

Географически фамилия распространена в основном среди еврейских семей, живших на территории черты оседлости — в Белоруссии, на Украине, в Прибалтике. Встречается она и у выходцев из Литвы, где имя Эйдл было особенно популярно. В современной России фамилия Эйдина остаётся малочисленной, но не исчезнувшей — её носители живут преимущественно в крупных городах.

Любопытная деталь: в польском и белорусском произношении фамилия могла звучать как Эйдзина, с мягким «дз», что отражает местную фонетику. Но в русском написании закрепилась твёрдая «д». Никакой связи с тюркскими или кавказскими корнями у фамилии нет — это чисто ашкеназский след, сохранивший память о женском имени, которое когда-то давали в честь библейской праматери.