Фамилия Эйдинова — женская форма фамилии Эйдинов. В основе, скорее всего, лежит еврейское мужское имя Эйдл (уменьшительное от Элиэзер или Элияху), распространённое в среде ашкеназских евреев Восточной Европы. Суффикс -ов (-ев) в еврейских фамилиях этого типа выполняет ту же функцию, что и в славянских: указывает на принадлежность («сын Эйдла»). Фамилия Эйдинов, таким образом, — это отчество, образованное от имени предка.

Географически фамилия тяготеет к ареалу черты оседлости: Белоруссия, Литва, Украина. Встречается и вариант Эйдельман (где -ман означает «человек»). Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецкой фамилией Eyden или голландской van Eyden, которые могли принести в Российскую империю переселенцы-ремесленники. Однако для фамилии Эйдинова типичная модель образования (имя + суффикс) указывает именно на восточноевропейское еврейское происхождение.

В дореволюционной России носители фамилии в основном принадлежали к мещанскому или купеческому сословию, реже — к ремесленникам. Никаких дворянских корней у этой фамилии нет: она бытовая, не аристократическая. Среди известных носителей — советский литературовед и поэт Роза Эйдинова (1924—2011), что подтверждает её распространённость в интеллигентской среде.

В написании фамилии возможна вариативность: через «а» (Эйдинова) и через «о» (Эйдинова) — оба варианта встречаются в документах, но первый считается основным. Это связано с тем, что в идише и в русской транскрипции ударный звук мог передаваться по-разному.