Фамилия Эйдинов — одна из тех, что при ближайшем рассмотрении оказывается не просто «иностранной», а указывает на конкретную этническую и социальную среду. Вопреки возможному предположению о финском или прибалтийском корне (из-за созвучия с «Эйно»), фамилия эта почти наверняка ашкеназская, еврейская по происхождению.

Основа фамилии — мужское личное имя Эйдл или Эйдлман. В идише имя Эйдл — это ласкательная форма от Адонай (Господь) или, что вероятнее, вариант имени Иегуда (Йегуда), которое в ашкеназской традиции обросло множеством уменьшительных форм: Йудл, Йидл, Эйдл. Суффикс «-ин» в данном случае — не русский патронимический (как в «Петров»), а адаптированный славянский формант, который в Российской империи часто добавляли к еврейским фамилиям при записи в метрические книги. Он выполнял ту же роль, что и «-ов»: указывал на принадлежность к роду, буквально «сын Эйдла».

Есть и альтернативная, менее распространённая версия, которую приводят некоторые исследователи ономастики. Она связывает фамилию не с именем, а с топонимом — местечком Эйдиново или Эйдины на территории современной Литвы или Беларуси. Такие названия встречаются, хотя и не часты. В этом случае предок получил фамилию по месту жительства или выезда, а суффикс «-ов» был добавлен уже по русской модели образования фамилий от географических названий. Однако версия с личным именем выглядит убедительнее: она объясняет широкую распространённость фамилии в разных регионах черты оседлости.

Сословно носители фамилии Эйдинов в XIX — начале XX века относились по преимуществу к мещанам и купцам. Встречаются Эйдиновы среди кантонистов, а позже — среди приказчиков, ремесленников, врачей. Фамилия не редкая, но и не массовая: её можно встретить в документах по Витебской, Могилёвской, Киевской губерниям, а также в Одессе, куда в конце XIX века активно переселялись евреи из западных губерний.

Любопытная деталь: в дореволюционных записях фамилию могли писать по-разному — Эйдинов, Эйдлинов, иногда Айдинов. Вариант с «А» — следствие акающего произношения в некоторых диалектах идиша. Но основная, закрепившаяся форма — через «Э».