Фамилия Эндина — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В отличие от большинства русских фамилий на -ин, образованных от мужских имён или прозвищ (Иван — Иванов, Козёл — Козлов), Эндина указывает не на отца, а на место. Основа здесь — гидроним, то есть название реки или озера.

Самый прямой и правдоподобный путь: река Эндинда (или Эндин) в бассейне Енисея. Носители фамилии Эндина — это потомки людей, живших на её берегах. Суффикс -ин в таком случае работает как «принадлежащий к местности»: ср. Москвин, Тверитин. Модель та же: человек с реки Эндинды стал Эндиным, а его жена или дочь — Эндиной. Для Сибири, где фамилии часто складывались вокруг речных путей и зимовий, это абсолютно типично.

Менее вероятная, но допустимая версия — от прозвища Энда. В северных говорах «энда» могло означать «упрямец» или «человек, который гнёт своё», но слово это крайне редкое и локальное. Если бы фамилия была массовой, мы бы увидели её в центральных областях, но Эндина встречается почти исключительно в Сибири, что и делает гидронимическую версию основной.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа Энд-, суффикс -ин, женская форма Эндина. Ударение, судя по произносительной практике, падает на второй слог: Энди́на. Сравните с фамилией Эндин — это мужской вариант той же модели, но он встречается реже. В документах XIX века, если они сохранились в местных архивах, фамилию могли записывать и как Эндын, и как Эндин — колебания в написании безударных гласных для приходских книг обычное дело.

Итог прост: если вы встретили Эндину, перед вами, скорее всего, потомок сибирского старожила, чей род пошёл с берегов таёжной реки. Никаких дворянских корней, никаких сложных этимологических загадок — чистая топонимика, крепко привязанная к карте.