Фамилия Эменуллаев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа соединилась с русским патронимическим суффиксом -ев. Это указывает на то, что фамилия формировалась на территории, где русская административная культура фиксировала имена и прозвища местного населения, чаще всего в Поволжье, на Кавказе или в Средней Азии, в период активного взаимодействия славянских и тюрко-мусульманских народов.

В основе фамилии лежит арабское имя Эменулла (варианты: Эминullah, Аминулла). Оно состоит из двух корней: «эмен» (или «амин») — «верный, надежный, честный» и «улла» (Аллах) — «Бог». В буквальном переводе имя означает «верный Аллаху» или «доверенный Богом». Это теофорное имя, популярное у мусульманских народов, особенно у татар, башкир, народов Дагестана. Суффикс -ев (вместо более привычного для тюркских языков -ов) здесь — чисто русский формант, указывающий на принадлежность: «сын Эменуллы».

Интересно, что фамилия не получила распространения в виде Эменуллаев (с ударением на последний слог) в центральной России. Основной ареал её бытования — республики Северного Кавказа и Татарстан. В русских переписях XIX века она почти не встречается, что говорит о её поздней письменной фиксации — скорее всего, в советский период, когда паспортизация унифицировала фамилии по русскому образцу. Если предки носителя фамилии были из Дагестана, то исходная форма могла звучать как Эменуллаев (без суффикса), а русская приписка -ев закрепила её в документах.

Сословно предки Эменуллаевых, скорее всего, не относились к дворянству. Типичные носители такой фамилии — крестьяне или ремесленники из мусульманских общин, где имя отца (Эменулла) становилось родовым прозвищем. Встречается также вариант Эминуллаев — он ближе к арабскому произношению, но менее употребителен. Фамилия не имеет ничего общего с тюркским словом «эмен» (дуб) — это чисто антропонимическая конструкция, привязанная к личному имени.