Фамилия Эмигенов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно отбросить привычную модель «основа + суффикс -ов», потому что здесь работает другой механизм: фамилия образована не от русского прозвища, а от тюркского или монгольского имени с последующей русификацией.

Основа «Эмиген» восходит к мужскому личному имени, которое встречается у тюркских народов, особенно в Сибири и на Алтае. У алтайцев и тувинцев есть имя Эмиген (вариант — Эмчиген), которое означает «лекарь», «врач», «знахарь». Слово происходит от тюркского «эм» — «лекарство», «снадобье», а суффикс «-ген» образует имя деятеля. Таким образом, Эмиген — это буквально «целитель», «тот, кто лечит». Имя давали ребёнку, либо чтобы пожелать ему здоровья, либо в семье, где был знахарь или шаман.

Русский суффикс «-ов» в фамилии Эмигенов — это типичный способ адаптации тюркского имени в русской среде, особенно в XIX–XX веках. Он указывает на принадлежность: «сын Эмигена». Скорее всего, фамилия закрепилась за человеком, который перешёл в православие или был записан русскими чиновниками, и ему дали фамилию по отцу. Географически Эмигеновы концентрируются в Республике Алтай, Хакасии, Туве, а также среди алтайской диаспоры в Казахстане. В русских губерниях эта фамилия практически не встречается — её нет в дореволюционных списках дворянства или купечества.

Интересная деталь: фамилия Эмигенов могла возникнуть и независимо от личного имени — как прозвище по профессии. В некоторых тюркских языках «эмиген» (или «эмчи») — это не только лекарь, но и ветеринар, коновал. Если предок был народным лекарем, его могли прозвать Эмиген, а потомки получили фамилию. В этом смысле Эмигенов — аналог русских фамилий Врачёв, Лекарев, Докторов, только с тюркским корнем.

Спорных версий две. Первая — связь с монгольским «эмээ» (бабушка) и суффиксом «-ген», но это даёт значение «сын старухи», что маловероятно для фамилии. Вторая — попытка вывести из арабского «имам» через искажение, но это требует слишком большого числа допущений. Самая правдоподобная гипотеза — именно тюркское «целитель», подтверждённое ономастическими данными по Алтаю.

Фамилия Эмигенов недворянская, не купеческая, а крестьянская или казачья по происхождению. Её носители — потомки сибирских тюрков, которые в XIX веке получили русские фамилии по отцовскому имени. Сегодня она остаётся редкой: по открытым данным, в России живёт не более нескольких сотен человек с такой фамилией.