Фамилия Эмгенова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской или тюркской этимологии. Носительниц этой фамилии больше, чем носителей мужского варианта Эмгенов, что само по себе намекает на локальное бытование в среде, где фамилию передавали и по женской линии, или на происхождение от матронима.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на русскую патронимическую модель: Эмгенов — «сын Эмгена». Но корень «Эмген» не встречается ни в православных святцах, ни в распространённых тюркских именах вроде Тимур или Ахмет. Самое правдоподобное объяснение — искажение или диалектное произношение имени Емельян (греческое Aimilianos — «ласковый»). В южнорусских и украинских говорах имя Емельян нередко звучало как Омельян, а в быстрой речи — «Эмльян» или «Эмген». Если к основе «Эмген» добавили фамильный суффикс -ов, получилась фамилия Эмгенов, а женская форма — Эмгенова.

Есть и версия о калмыцком или монгольском следе. В калмыцком языке есть слово «эмгн» (старуха, бабушка) и имя Эмген (в значении «почтенная, старая»). Если предок получил прозвище Эмген — за уважаемый возраст или за то, что воспитывался бабушкой, — то фамилия образовалась по русской модели: Эмген → Эмгенов. Однако в Калмыкии фамилии чаще оформляются суффиксами -ов/-ев, и женская форма Эмгенова там обычна. Спор решается географией: если фамилия встречается в Поволжье или на Северном Кавказе — вероятнее калмыцкое происхождение; если в центральных областях России — скорее искажённое Емельянов.

В любом случае, носительница фамилии Эмгенова может с равной вероятностью оказаться потомком крестьянина Емельяна из русской глубинки или потомком калмыцкого скотовода по прозвищу Эмген. Точнее скажут только семейные предания и архивные записи конкретного рода.