Фамилия Эминагаров — редкий случай, когда в основе лежит не имя или ремесло, а сложный географический или социальный термин, переработанный русской суффиксацией. При первом взгляде бросается в глаза нехарактерный для славянских фамилий корень «Эминагар», который явно заимствован из тюркских или кавказских языков. Скорее всего, это не одна лексема, а конструкция: «Эмин» (арабское имя, означающее «надёжный», «верный») плюс «агар» (в тюркских языках — «гора», «горный»). Таким образом, исходное прозвище Эминагар могло означать «надёжный как гора» или «гора Эмина» — топоним, перешедший в личное прозвище.

Русский суффикс «-ов» указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, вероятно, в XIX — начале XX века, когда фиксировали фамилии нерусского населения Кавказа и Закавказья. По модели образования Эминагаров схожа с фамилиями вроде Мамедов или Алиев, но основа у неё не имя, а составное прозвище. Это говорит о том, что предок носителя фамилии мог быть выходцем из горного региона (например, Дагестана или Азербайджана), где названия вроде «Эминагар» давали по месту жительства у горы, принадлежавшей человеку по имени Эмин.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от арабского «эмир» (князь, правитель) в диалектном произношении «эмин» и персидского «гар» (гора). Тогда «Эминагар» — это «княжеская гора» или «гора правителя». Но арабское «эмин» (с ударением на и) и «эмир» (с ударением на и) в тюркских языках часто смешивались, поэтому точное разграничение затруднительно.

Фамилия почти не встречается в центральной России, её ареал — южные регионы, особенно Дагестан и Ставрополье. Носители Эминагаровых — потомки горцев, которые при переписях получали фамилию по родовому прозвищу, а не по имени отца, что редкость для тюркских фамилий. В советское время фамилия могла писаться как Эминагаров, Эмин-Агаров или слитно, но современная норма закрепила единое написание.