Фамилия Еминейс — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с восточнославянскими корнями. Скорее всего, перед нами латышская или латгальская фамилия, записанная в русской транскрипции. В латышском языке фамилия, звучащая как Emiņš или Eminiņš, была бы образована от личного имени Ema (или его варианта) с помощью патронимического суффикса -iņš, обозначающего «сын» или «потомок». Русское окончание «-ейс» могло возникнуть при адаптации латышской формы на письме: например, фамилия Emiņš в родительном падеже (Emiņa) могла быть воспринята как основа, к которой приставили русское -ев, получив Еминев, а затем, под влиянием местного произношения, — Еминейс.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с немецким или голландским корнем. В немецком языке встречается фамилия Emeis (от средневерхненемецкого emeis — «муравей»), которая могла попасть в Россию вместе с переселенцами или остзейскими дворянами. Однако форма «Еминейс» с конечным -с скорее указывает на балтийское, нежели на немецкое влияние: в прибалтийских губерниях немецкие фамилии часто получали латышское или эстонское окончание, но здесь мы видим обратный процесс — латышскую основу, переоформленную по-русски.

Географически фамилия Еминейс, если судить по современным данным, встречается в основном в Латвии и среди русскоязычного населения, которое исторически проживало на территории бывшей Лифляндской или Курляндской губернии. Носители могли быть потомками латышских крестьян, получивших фамилию при отмене крепостного права в XIX веке, или же выходцами из смешанных семей. В русском контексте фамилия не имеет никакого отношения к мифическому «Еминею» или греческим именам — это чисто балтийский след, который пришёл в русский быт через соседство и переселение.