Фамилия Эминжонов — яркий пример того, как тюркская и персидская языковые традиции сплелись в русской письменной форме. Её основа — арабское имя Эминжон, которое в свою очередь состоит из двух частей: «Эмин» (от арабского «амин» — верный, надёжный, честный) и «жон» (персидское «джан» — душа, жизнь). В буквальном смысле имя Эминжон можно перевести как «верная душа» или «честная жизнь», а в переносном — как «дорогой, как душа». Это типичный для Центральной Азии сложносоставной антропоним, где вторая часть служит ласкательным или почтительным компонентом.

Фамилию образовали по русской патронимической модели: к основе Эминжон добавили суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность к роду, то есть «сын Эминжона» или «из семьи Эминжона». Такая модель — самая распространённая среди фамилий народов бывшего СССР, принявших русскую грамматику для оформления родовых имён. Важно, что суффикс присоединили к полному имени, а не к его усечённой форме, что говорит о недавнем (в историческом смысле) закреплении фамилии в документах — скорее всего, в первой половине XX века, при массовой паспортизации.

Географически фамилия Эминжонов указывает на происхождение из Узбекистана или Таджикистана, где имена с компонентом «джон» («жон») особенно распространены. В русскоязычной среде фамилия редкая и не встречается массово за пределами Средней Азии. Носители фамилии — потомки людей, которых в своём кругу называли по имени-прозвищу Эминжон, что подчёркивало их честность или душевность, а возможно, было просто модным в определённое время именем.

Словообразовательный нюанс: в русской записи фамилии часто встречается вариант «Эминджонов» (с буквой «д»), что ближе к оригинальному произношению «Эминджон». Однако в паспортных записях закрепилась форма без «д» — Эминжонов, что может быть следствием упрощения при записи или особенностью местного диалекта. Сравните с однокоренными фамилиями Эминов, Эминжанов, Жонов — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами и компонентами. Фамилия Эминжонов стоит в этом ряду особняком именно благодаря двойной основе, которая сохранила полное имя предка, а не его сокращение.