Фамилия Эмирусеинова — редкий пример фамилии, образованной от полного арабского имени с титулом. Основа — мужское имя Эмирусеин (варианты: Эмир-Гусейн, Амир-Гусейн). Первая часть «эмир» (араб. أمير — повелитель, князь, военачальник) входила в состав многих тюркских и кавказских имён, указывая на знатность или высокое положение. Вторая часть — «Гусейн» (араб. حسين — красивый, хороший), имя внука пророка Мухаммеда, чрезвычайно почитаемое у мусульман-шиитов. Соединение титула с именем пророка — типичная для Востока формула, подчёркивающая и религиозное, и социальное значение.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель оформления фамилий, а окончание «-а» — на женский род. То есть перед нами женская форма фамилии; мужская — Эмирусеинов. Такая «русификация» характерна для многих народов бывшей Российской империи: аварцев, лезгин, кумыков, азербайджанцев. Фамилия, скорее всего, сформировалась в XIX — начале XX века при записи в метрические книги или при получении паспортов, когда к имени отца (Эмирусеин) добавляли стандартный русский суффикс принадлежности. Фонетически имя могло звучать как Эмиргусейн, но на письме закрепился вариант через «у».

Географически фамилия Эмирусеинова встречается преимущественно в Дагестане, особенно среди лезгин и аварцев, а также в Азербайджане. Встречается и вариант Эмиргусейнов — он ближе к оригинальному произношению. Социальный контекст: предок носителя фамилии, человек по имени Эмирусеин, мог быть уважаемым сельским старшиной, религиозным деятелем или просто человеком с громким именем, которое в традиционном обществе часто давали в честь деда или святого.

Других версий происхождения, кроме как от имени-титула Эмирусеин, нет — корень слишком прозрачен. Фамилия не имеет отношения к русским словам или географическим названиям. Это яркий пример того, как исламская антропонимия адаптировалась под русскую фамильную модель, сохранив при этом восточную торжественность.