Фамилия Эмкенов — редкий случай, когда географический ключ к разгадке лежит почти на поверхности, хотя этимология самого корня неочевидна. Носители фамилии сконцентрированы в Калмыкии и среди калмыцкой диаспоры, что сразу указывает на её происхождение из тюрко-монгольской языковой среды. Словообразовательная модель здесь классическая для калмыцких фамилий, русифицированных в XIX–XX веках: к основе добавляется русский патронимический суффикс -ов, который закрепился в документах после вхождения калмыков в состав Российской империи. Поэтому «Эмкенов» — это буквально «сын Эмкена» или «потомок Эмкена».

Корень «Эмкен» восходит к калмыцкому (ойратскому) языку. Самая вероятная версия связывает его с личным именем или прозвищем, образованным от слова «эмк» — в одном из диалектов это «тихий», «спокойный», «кроткий». Человек по прозвищу Эмкен мог получить такое имя за свой нрав: спокойный, неконфликтный, уравновешенный. Менее распространённая гипотеза выводит основу от «эм» — «лекарство», «целительство», что могло указывать на знахаря или народного лекаря. Однако в калмыцкой антропонимии прозвища по характеру встречаются чаще, чем по профессии, поэтому версия с «тихим» выглядит предпочтительнее. Третий вариант — топонимический: существует калмыцкий населённый пункт Эмкен (или урочище с таким названием), и фамилия могла произойти от названия места, где жил родоначальник.

Примечательно, что суффикс -ен в калмыцких именах часто выполняет уменьшительно-ласкательную или принадлежностную функцию, то есть Эмкен — это не полное имя, а скорее домашнее, «Эмкенушка» или «маленький тихоня». В русской записи фамилия могла колебаться: встречаются варианты Эмкенов и Эмкеновы, но единый стандарт закрепился через метрические книги. В отличие от многих русских фамилий на -ов, где основа — крестильное имя или профессия, здесь мы имеем дело с калмыцким родовым именем, которое после русификации потеряло указание на женскую линию (в калмыцкой традиции родство считалось по отцу, но суффиксы были иными). Таким образом, Эмкеновы — потомки спокойного, возможно, знающего травы человека из калмыцких степей, чья фамилия сохранила память о его характере или занятии.