Фамилия Емлиханов — редкий случай, когда основа не очевидна на первый взгляд, а суффикс указывает на нерусское происхождение. Модель образования здесь тюркская: к личному имени или прозвищу Емлихан (или Йемлихан) добавили русский патронимический суффикс -ов, который адаптировал фамилию для документов Российской империи. Без этого суффикса фамилия звучала бы как Емлихан, что характерно для многих народов Кавказа и Поволжья.

Разбираем основу. Первая часть — «Емли» — скорее всего, восходит к тюркскому корню «ем» (йем), что значит «еда», «корм», «пища». В татарском, башкирском и казахском языках слово «ем» также имеет значение «приманка», а в переносном смысле — «лакомство» или «богатство». Вторая часть — «хан» — титул верховного правителя, но в составе личных имен у тюркских народов он часто терял политический смысл и превращался в компонент, обозначающий «господин», «владыка» или просто усиливал имя. Таким образом, Емлихан может означать «богатый хозяин», «сытый господин» или даже «щедрый правитель» (тот, у кого много еды).

Возможна и более прозаическая версия: прозвище Емлихан могли дать человеку, который любил хорошо поесть, был плотного телосложения или занимался заготовкой и продажей продуктов. В тюркской среде прозвища по отношению к еде встречаются часто, и сочетание с «хан» могло быть ироничным — этакий «хан еды».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские языки и русская административная система. Чаще всего носители Емлихановых встречаются у татар (особенно казанских и мишарских), башкир, а также у народов Северного Кавказа (кумыков, ногайцев). Встречаемость в русских областях минимальна — это почти всегда потомки переселенцев из национальных республик.

С точки зрения словообразования, фамилия Емлиханов интересна тем, что сохранила архаичную тюркскую конструкцию «имя + титул» в качестве основы, которую затем русифицировали. Её однокоренные аналоги — Емлиев, Емлин — встречаются реже, а вот фамилии с компонентом «хан» (Алиханов, Муртазаханов) распространены шире. Емлиханов стоит в этом ряду особняком из-за редкой первой части, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: предки, скорее всего, жили в татарских или башкирских деревнях, где давали «говорящие» прозвища, а фамилию зафиксировали при переписях или рекрутских наборах в XIX веке.