Фамилия Емдиханова происходит от личного имени Емдихан, которое складывается из двух тюркских основ: «емде» — «лечить, врачевать» и «хан» — «правитель, повелитель». Таким образом, имя Емдихан буквально означало «лечащий хан» или «правитель-целитель». Вероятно, так называли человека, который в своем роду или племени сочетал власть и знахарские, врачебные навыки.

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий: к имени предка прибавили русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Емдихана), а затем женское окончание -а. То есть Емдиханова — это «дочь (или жена) Емдиханова». Мужской вариант фамилии — Емдиханов.

Фамилия редкая, её географическое распространение, скорее всего, связано с регионами, где исторически жили тюркоязычные народы, принявшие русскую фамильную модель: Татарстан, Башкортостан, Казахстан или Северный Кавказ. Точное место и время возникновения рода установить без генеалогических изысканий сложно — процесс оформления фамилий у разных народов растянулся на столетия, но основа ясна: в корне лежит почетное прозвище или имя, данное при рождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (например, Емдеев, Емдеков), вариант Емдиханова выделяется компонентом «хан» — он указывает на высокий социальный статус предка, пусть и в рамках локальной общины. Это не обязательно буквальный правитель, скорее уважаемый старейшина или человек, обладавший властью в своем кругу.