Фамилия Емдиханова образована от имени Емдихан. Оно ведет свое начало от двух слов: «емде» - «лечить» и «хан» - «правитель». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Емдихановых можно лишь на основании генеалогических исследований.