Фамилия Еммер — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). Корень фамилии — немецкое слово Emmer, которое в ботанике и сельском хозяйстве означает один из видов полбы, древней пшеницы-двузернянки. Если предок был немцем-колонистом, переселившимся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, то фамилия могла возникнуть как прозвище земледельца, торговавшего этим злаком, или как топонимическая — от названия местности, где росла полба. В немецких землях встречаются поселения с названием Emmer (например, в Нижней Саксонии), и тогда фамилия указывала на выходца оттуда.

Вторая версия — еврейская. У ашкеназов фамилия Еммер могла быть искусственно создана в начале XIX века, когда в Австрийской и Российской империях евреям в обязательном порядке присваивали фамилии. Часто брали слова из идиша или немецкого, связанные с бытом. Emmer на идише тоже означает «полба», но не исключено, что это вариант фамилии Эммер, образованной от женского имени Эмма или уменьшительной формы имени Эмиль.

Суффикса, привычного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), в Еммер нет. Это чистая основа без аффикса, что типично для фамилий немецкого происхождения, которые вошли в русский обиход без изменений. В дореволюционных документах фамилия могла записываться двояко: через одно «м» (Емер) или с двумя. Встречается она преимущественно в Поволжье и на юге России — в регионах, где существовали немецкие колонии, а также в городах бывшей черты оседлости (Одесса, Киев, Витебск).

Однокоренных славянских фамилий у Еммер нет. Если сравнивать с похожими по звучанию русскими фамилиями (Емельянов, Емелин), то корень там другой — от имени Емельян. Поэтому путать их не стоит. Носитель фамилии Еммер почти наверняка имеет предков-иностранцев, и географию поиска семейной истории стоит начинать с немецких колонистских архивов или метрических книг иудейских общин.