Фамилия Емнуева — редкая, и её разговорная форма с окончанием -ева сразу подсказывает, что перед нами женский вариант фамилии Емнуев. Мужская форма, Емнуев, образована по модели, типичной для русского Севера и некоторых регионов Поволжья: суффикс -ев присоединяется к основе, которая звучит как тюркское или монгольское имя или прозвище.

Корень «Емну» — почти наверняка искажённое или адаптированное на русской почве имя. Самая вероятная версия — восходит к калмыцкому или бурятскому имени Эмнэ (Эмне). В этих языках «эмнэ» означает «лекарство», «целитель», «здоровье». Имя давали ребёнку, родившемуся болезненным, с пожеланием крепкого здоровья, или же в честь знахаря. При переходе в русскую среду начальное «э» могло редуцироваться до «е», а конечный гласный отпасть, дав основу «Емн». Суффикс -у- в «Емну» — вероятно, результат народной этимологии или местного произношения, где имя звучало как «Емну» (ср. башкирские и татарские имена с конечным -у).

Географически фамилия Емнуев/Емнуева должна быть привязана к местам компактного проживания калмыков или бурят, а также к районам, куда они переселялись: Астраханская область, Калмыкия, Забайкалье. Встречаемость её в современной России крайне низкая, что подтверждает её локальный и, возможно, недавний по времени перехода в русскую фамильную систему характер.

Менее убедительная версия — связь с финно-угорским корнем. В коми или удмуртском языке есть слова, близкие к «ем» (игла) или «емны» (взять), но они не образуют устойчивого прозвища. Поэтому тюрко-монгольское происхождение, через имя со значением «целитель», остаётся наиболее логичным. Предки носительницы фамилии, скорее всего, были людьми, связанными с народной медициной, либо просто получили фамилию от предка по имени Эмнэ.