Фамилия Емолкина — редкий случай, когда написание через «ё» почти наверняка не случайность, а историческая норма. В большинстве русских фамилий буква «ё» со временем заменялась на «е» под влиянием канцелярской и письменной традиции, но здесь она сохранилась, и это даёт ключ к происхождению.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Емолка. Это уменьшительная форма от Емол, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Емельян (от греческого «аймилиос» — ласковый, приветливый). Модель образования типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -к-а (Емолка) плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Емолки» или «жена Емолки». Фамилия на -ин указывает на принадлежность к роду, где предка звали именно так, в обиходной, домашней форме.

Географически фамилия Емолкина тяготеет к Верхневолжью и северо-западу России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Емолка в Новгородской и Тверской землях. Там же, в тверских и псковских говорах, бытовал глагол «емолить» — делать что-то медленно, с трудом, копаться. Не исключено, что прозвище Емолка могло закрепиться за неторопливым, основательным человеком, но это лишь побочная версия; основная — от имени Емельян.

Сословная принадлежность носителей фамилии, судя по архивным данным XIX века, — в основном государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Поскольку суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён или прозвищ на -а/-я, Емолкина стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Емелькин, Емкин, Емохин — все они образованы от разных форм того же имени Емельян, но именно вариант с «ё» сохранил редкую фонетическую точность.