Фамилия Емпольская — женская форма от Емпольский, а та, в свою очередь, почти наверняка образована от географического названия. В русской ономастике суффикс -ский/-ской традиционно указывает на связь с местностью: такую фамилию получал либо помещик по названию своего имения, либо человек, переселившийся из населённого пункта с соответствующим именем.

Искать корень стоит в топонимах с основой «Емпол-» или близкой к ней. Самое прямое соответствие — город Емполь (ныне Ямполь) на Украине, в Сумской области. В исторических документах встречается написание «Емполь», «Емполье». Отсюда и фамилия Емпольский: человек, родом из Емполя или владевший землями в той округе. Есть и другие Ямполи (в Винницкой, Донецкой областях), но их названия в прошлом тоже могли фиксироваться через «Е».

Менее вероятная, но допустимая версия — от прозвища или личного имени. В говорах «емпол» могло означать нечто ёмкое, полное (от «емкий» и «полный»), однако такая гипотеза не подкреплена ни словарями, ни устойчивой традицией. Для фамилий на -ский основообразующая роль прозвища нетипична — они почти всегда «географические».

Исходная фамилия Емпольский — относительно редкая, встречается в основном в западных и южных регионах бывшей Российской империи, особенно там, где были выходцы из Черниговской и Подольской губерний. Женская форма Емпольская закрепилась по той же модели, что и большинство русских фамилий: мужская на -ский — женская на -ская.

Таким образом, предки носительницы фамилии с большой долей вероятности были либо мелкими дворянами, владевшими землёй под Ямполем, либо крестьянами или казаками, переселившимися оттуда и получившими прозвание по месту прежнего жительства.