Фамилия Емукова — женская форма фамилии Емуков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, потому что он сразу выдаёт региональную и этническую принадлежность. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, но в данном случае он наложен на основу, которая не является исконно русской. Фамилия Емуков (и Емукова) распространена среди народов Северного Кавказа, особенно у кабардинцев и черкесов. Это не случайно: суффикс -ов в адыгских фамилиях — результат русификации в XIX–XX веках, когда при записи в метрики и документы к местным именам и прозвищам добавляли русский патронимический суффикс.

Основа Емук- восходит к адыгскому (кабардино-черкесскому) имени или прозвищу. Наиболее правдоподобная версия: Емук — это вариант имени Ямук или Йамук, которое в тюркских и кавказских языках могло означать «бок», «сторона» или быть производным от слова со значением «близкий», «родной». В адыгской ономастике есть имя Емыку (Емыкъу), где вторая часть -къу переводится как «сын» или «потомок». Таким образом, Емуков буквально — «сын Емыка» или «потомок того, кого звали Емук».

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «емек» — «еда, пища», откуда могли возникнуть прозвища, связанные с гостеприимством или профессией кормильца. Однако для кавказского ареала адыгская версия убедительнее: фамилия Емуковы известна в среде кабардинских князей и дворян (уорков), и её носители исторически проживали в Кабардино-Балкарии, особенно в селениях вокруг Нальчика и в Баксанском районе.

С точки зрения словообразования, фамилия Емукова — это не отчество в чистом виде, а патроним, оформленный по русской модели. В адыгском языке нет родовых окончаний, поэтому при переходе в русскую документацию женская форма появилась автоматически: дочь или жена Емукова стала Емуковой. В самой кабардинской среде фамилия до сих пор может произноситься без окончания — просто Емук, но в официальных записях закрепился русифицированный вариант.

Искать какую-то связь с древнерусским или славянским корнем не стоит: ни «ем», ни «мука» к этой фамилии отношения не имеют. Это яркий пример того, как внешне «русская» фамилия на -ов скрывает совершенно другую языковую и культурную историю.