Фамилия Емжарова образована от личного имени Емжар, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. Исходное имя Емжар — фонетический вариант имени Елжар. В переводе с казахского Елжар означает «друг народа» (ел — «народ», жар — «друг»). Вторая версия отталкивается от прозвища Емжар, где первая часть восходит к древнетюркскому «эми» («дядя»). Тогда целое прозвище осмысляется как «друг дяди». Оба варианта объяснения укладываются в тюркскую антропонимическую модель, где в основе лежит социально значимая характеристика — дружеские отношения.

Фамилия образована по русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом -ов, который присоединился к тюркскому имени. Типичный для русских фамилий суффикс указывает на принадлежность: Емжаров — «сын Емжара» или «из семьи Емжара». Тюркский корень -оглы (в переводе «сын, потомок») в этой фамилии не использовался, хотя он характерен для турецких, гагаузских и других тюркских фамилий. Здесь мы видим адаптацию восточного имени через славянскую словообразовательную форму.

Фамилия редкая, встречается преимущественно в Оренбургской области и на юге Урала — в регионах, где исторически были сильны контакты русского и казахского населения. По сословной принадлежности носители фамилии могли относиться к казакам или государственным крестьянам, но точных данных об этом нет. Основная ценность фамилии Емжарова — в сохранении древнего тюркского личного имени, которое в современном русском быту почти не употребляется.