Фамилия Енабаев — один из тех случаев, когда основа не бросается в глаза, а суффикс даёт ключ к географии. Строевая модель здесь — тюркская: корень плюс аффикс принадлежности -бай (в русской передаче часто -баев). В тюркских языках бай — это «богатый», «господин», «хозяин», а в составе фамилий он указывал на обладателя качества или покровителя. Первая часть, Ена-, может восходить к нескольким источникам. Самая вероятная версия — от антропонима Ена, варианта имени Яна, которое в тюркской среде означает «душа», «жизнь» (арабское يانا). В этом случае Енабай — «богатый душой» или «живущий в достатке». Есть и более прозаичный вариант: Ена — это искажённое Ене (мать, старшая женщина) в некоторых тюркских диалектах, тогда прозвище могло означать «материн бай» или «сын уважаемой женщины».

Фамилия редкая, и её ареал почти наверняка ограничен Поволжьем и Приуральем — территориями расселения татар, башкир и других тюркских народов. Суффикс -баев, а не -бай, указывает на русскую патронимическую обработку: фамилию записывали по отцу, как Енабаев сын. В дореволюционных метриках такие фамилии встречались у тептярей и мишарей. Сословно носители, скорее всего, относились к государственным крестьянам или служилым татарам, а не к дворянству — фамилии на -бай/баев редко попадали в родословные книги.

Интересно, что фамилия почти не имеет омонимов в славянской среде, что делает её маркером этнической и региональной принадлежности. Если искать аналоги, то ближе всего Еналеев (от Енали) и Еникеев (от Еникей) — все они построены по одной модели «личное имя + бай». Разница только в том, что Енабаев — более архаичная форма, где основа не получила дополнительного суффикса -ка или -ке. В современной ономастике фамилия не изучена отдельно, но по структуре она вписывается в пласт тюркских фамилий, которые массово закрепились в XVI–XVIII веках, когда русские писцы фиксировали прозвища по отцу.