Фамилия Енбаева образована от мужского имени Енбай, которое состоит из двух тюркских основ: «ен» — «широкий, просторный», и «бай» — «богатый, хозяин, господин». В буквальном смысле Енбай означает «широкий (то есть большой, полновластный) богач» или «просторный хозяин». Такие составные имена с компонентом «бай» были широко распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов — они не столько указывали на реальное богатство, сколько служили пожеланием благополучия и статуса.

Суффикс -ев принадлежит к русской патронимической модели, но в данном случае он присоединён к тюркскому имени. Фамилия Енбаев (и её женская форма Енбаева) — типичный пример того, как в XVIII–XIX веках у народов Поволжья и Приуралья, особенно у башкир и татар, при переходе к фамилиям по русскому образцу к отцовскому имени прибавляли русский суффикс. То есть Енбаев — буквально «сын Енбая».

Географически фамилия чаще всего встречается в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, реже — в Татарстане. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках носители фамилии записаны среди тептярей и башкир-вотчинников, что указывает на смешанное финно-угорско-тюркское происхождение части рода.

Стоит обратить внимание на один нюанс: в разговорной речи фамилию иногда произносят с ударением на последний слог — Енбаева́, хотя литературная норма допускает ударение на второй слог (Енба́ева). В документах XIX века встречается вариант написания через «и» — Енбаива, что отражает местное произношение и неграмотность писарей. Это не ошибка, а живое свидетельство того, как фамилия бытовала в крестьянской среде до введения обязательного единообразного написания.