Фамилия Эндека — редкий случай, когда в основе лежит не русское прозвище или имя, а, скорее всего, иноязычное слово, адаптированное на русской почве. В отличие от большинства славянских фамилий с суффиксами -ов, -ин или -ский, Эндека имеет окончание -а, которое в русском языке чаще указывает на женский род, но в фамилиях может быть застывшей формой прозвища или результатом полонизации.

Наиболее вероятная версия происхождения — польская или белорусская. В польском языке слово «endek» (производное от «endecja») означало члена Национально-демократической партии (эндеков), действовавшей в конце XIX — начале XX века. Фамилия могла закрепиться за человеком, который был активным сторонником этого политического движения, или же стать прозвищем, данным по идейным убеждениям. Такие «политические» фамилии не редкость в Восточной Европе: вспомните хотя бы Пилсудского или Дмовского, чьи имена порождали производные.

Вторая версия, менее политизированная, но более древняя — топонимическая. В Польше существует несколько мест с названием Эндек или Эндека (например, деревня Эндека в Лодзинском воеводстве). В этом случае фамилия указывает на выходца из такого поселения. Схема образования проста: прозвище «Эндека» (человек из Эндеки) со временем закрепилось как фамильное имя.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Типичные русские фамилии на -а (например, Скряба, Ворона) чаще всего происходят от прозвищ, а не от названий партий или мест. Суффикса -ек- в составе Эндека — это не русский уменьшительный суффикс (как в слове «венок»), а часть корня: «Эндек» + окончание «-а». Это сближает фамилию с западнославянской моделью, где фамилии часто оканчиваются на -а без дополнительных суффиксов (Войцеха, Ковальчика).

Встречаемость фамилии крайне низкая. В основном она фиксируется на западе России (в Псковской, Смоленской областях) и в Беларуси — в зоне исторического польского влияния. Носители фамилии Эндека, скорее всего, потомки поляков или белорусов, которые переселились вглубь России в XIX–XX веках, либо обрусевшие выходцы из бывших польских губерний.

Спорных версий здесь немного. Предположение, что фамилия происходит от немецкого Ende (конец) или от литовского endekti (заканчивать), выглядит натянутым: фонетически и географически эти варианты слабо согласуются с ареалом бытования. Польское происхождение — и по звучанию, и по историческому контексту — остаётся самым убедительным.