Фамилия Эндеко — редкий случай, когда ономастика сталкивается не с русским или славянским корнем, а с тюркским или кавказским субстратом, который был адаптирован русской письменностью. На первый взгляд фамилия звучит как польская или западнославянская (ср. Эндзея, Энгель), но суффикс -о указывает на иной путь. В русской фамильной системе окончание -о характерно для украинских и белорусских фамилий (Коваленко, Шевченко), а также для некоторых тюркских, где -о могло закрепиться при русификации. Однако основа «Эндек» не имеет прямых аналогов в восточнославянской лексике.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским словом «эндек» (или «андык») — в ряде тюркских языков это означает «ров», «канава», «овраг». В казахском и татарском «эндек» — это ложбина или углубление в земле, иногда — старое русло реки. В этом случае фамилия могла быть прозвищем человека, жившего у оврага или работавшего на рытье канав. Такие топографические прозвища были широко распространены у народов Поволжья, Приуралья и Северного Кавказа, где тюркские языки соседствовали с русским.

Вторая, менее вероятная версия — от имени Энди (Энде) с добавлением тюркского суффикса -ко, который иногда использовался как уменьшительный или патронимический. Например, в болгарском и гагаузском есть фамилии на -ко, но для них характерна другая основа. Спорным остаётся и возможное происхождение от польского «endek» (националист, член Национально-демократической партии), но это слово появилось в конце XIX века и вряд ли дало бы фамилию, укоренившуюся в русской среде.

Географически фамилия Эндеко встречается в основном в южных регионах России и на Северном Кавказе, что подтверждает её тюркские или кавказские корни. Встречается она и среди потомков казаков, где смешение культур давало такие необычные формы. Сословно предки носителя фамилии могли быть крестьянами или мещанами — прозвище по месту жительства или по занятию не требовало знатного происхождения.