Фамилия Эндеркупэ — редчайший случай для русского ономастикона. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение почти наверняка не славянское. Чтобы понять смысл, нужно смотреть в сторону прибалтийско-финских языков, прежде всего эстонского или водского.

Скорее всего, в основе лежит эстонское слово ender — «утка-нырок» или просто «утка», и küpp (диалектное) — «кулик» или «маленькая птица». Таким образом, Эндеркупэ могло быть составным прозвищем вроде «утка-кулик» или «птичий охотник». Вторая часть, -pää (по-эстонски «голова»), тоже возможна: Enderpää могло означать «утиная голова» — прозвище по внешности или повадкам. Фамилия закрепилась в написании через русскую транслитерацию, где конечное -э передаёт мягкость или редуцированный звук.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу: к бывшим территориям Ингерманландии (Ленинградская область) или Эстонии, где в XIX веке крестьянам часто давали фамилии по названиям птиц, растений или местности. В метрических книгах и переписях такая фамилия почти не встречается, что говорит о её крайней малочисленности — возможно, она принадлежала одной семье или роду, переселившемуся вглубь России.

Вторая версия, менее вероятная, — немецкое происхождение. В нижненемецких диалектах Ender могло быть вариантом имени Andreas (Андрей), а Kupe — сокращением от Kupfer (медь). Но тогда форма ожидалась бы как Эндеркупфер или Эндеркуп, а конечное -э наводит на финно-угорский след.

Так что, если ваши предки носили фамилию Эндеркупэ, они, скорее всего, происходили из прибалтийско-финской среды — эстонских крестьян, води или ижоры, получивших фамилию по птичьему прозвищу. В русском контексте она осталась экзотикой, сохранив звучание, не переработанное стандартными суффиксами.