Фамилия Эндимионов — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа — не славянское прозвище или крестильное имя, а имя героя древнегреческих мифов. Эндимион — прекрасный юноша, возлюбленный богини Луны Селены, погружённый Зевсом в вечный сон. Вряд ли в крестьянской или купеческой среде XVIII–XIX веков ребёнка называли Эндимионом — это имя было книжным, семинарским.

Фамилия Эндимионов, скорее всего, образована по типичной модели фамилий русского духовенства. Семинаристы нередко получали фамилии при поступлении в училище или академию: их «переименовывали» в честь античных богов, героев, философов или по названиям церковных праздников. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Эндимионов» буквально означает «сын Эндимиона» или «из рода Эндимиона». Поскольку имя мифическое, фамилия не могла возникнуть от отчества реального человека — это искусственное, «кабинетное» образование.

Версия о происхождении от реального прозвища (например, от диалектного слова «эндим» — такого в русских говорах нет) маловероятна. География фамилии узкая: единичные носители встречаются в центральных регионах России, что косвенно подтверждает её семинарское происхождение — такие фамилии давали в духовных училищах при крупных монастырях и епархиях. Фамилия не имеет отношения к сословиям: её мог получить и сын дьячка, и выходец из поповской семьи, сменивший неблагозвучную фамилию вроде Попов или Гнилозубов на более «учёную».

Таким образом, Эндимионов — фамилия, которая рассказывает не о ремесле или внешности предка, а о системе образования русской церкви. Носитель такой фамилии с большой вероятностью — потомок семинариста, получившего фамилию за партой, а не по наследству от деда.