Фамилия Эндимионова — редчайший случай в русском ономастиконе. Она образована не от прозвища, ремесла или крестильного имени, а напрямую от имени персонажа древнегреческой мифологии — прекрасного юноши Эндимиона, возлюбленного богини Луны Селены. В русский язык это имя попало через церковнославянские тексты и западноевропейскую литературу XVIII—XIX веков, когда античные сюжеты были в моде у дворянства и духовенства.

Основа фамилии — Эндимион — это греческое Ἐνδυμίων. Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования: «чей?» — «Эндимионов». Женская форма Эндимионова закрепилась в паспортной системе. В отличие от фамилий от календарных имён (Иванов, Петров), эта не связана с православными святцами: в святцах нет Эндимиона. Значит, предок получил её не по отцу, а по прозвищу или по семинарской традиции.

Самая вероятная версия — фамилия семинарская. В духовных училищах XVIII — начала XIX века ученикам часто давали «благозвучные» фамилии из античной мифологии, латыни или греческого. Эндимионова мог получить выпускник, который особенно отличился в риторике или поэзии, — намек на красоту и сон Эндимиона (по мифу, он спал вечным сном в пещере, а Селена спускалась к нему). Такие фамилии не передавали ремесло, а подчёркивали книжное происхождение носителя. Второй вариант — редкое прозвище. В крестьянской среде могли назвать Эндимионом сонливого или мечтательного человека, но это маловероятно: имя слишком сложное для устной традиции.

Регионально фамилия встречается единично. В современных базах данных (например, в телефонных справочниках или списках избирателей) Эндимионовы отмечены в основном в центральной России и Поволжье, но число носителей не превышает нескольких десятков человек. Это не массовая фамилия, а скорее уникальный след в истории: её обладатели, скорее всего, потомки одного человека — семинариста или сельского священника, получившего «мифологическую» фамилию за учёность. Других версий, вроде связи с тюркскими или финно-угорскими корнями, нет — звуковой состав фамилии чисто греческий, и альтернативные гипотезы были бы натяжкой.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Эндимион- плюс суффикс притяжательности -ов-. Ударение падает на третий слог — Эндимио́нова, что соответствует греческому произношению. В быту её могли коверкать, но в документах XIX века, если они сохранились, форма закрепилась именно такая. Однофамильцев с другими суффиксами (Эндимионский, Эндимионин) не зафиксировано — это подчёркивает исключительность модели. Для человека, ищущего свои корни, эта фамилия — нить к истории русского духовного сословия и его неожиданным культурным заимствованиям.