Фамилия Ендиряков — редкий пример, где географический след просматривается ярче, чем прозрачная этимология. В основе фамилии лежит тюркское имя или прозвище Ендиряк (варианты — Индиряк, Эндиряк). Формант -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Ендиряков буквально означает «сын Ендиряка». Фамилия почти наверняка имеет восточное, скорее всего татарское или башкирское, происхождение.

Корень «ендир» (или «индир») в тюркских языках чаще всего связывают со словом, обозначающим низменность, низину, или с глаголом со значением «опускать, спускать». Прозвище Ендиряк могли дать человеку, жившему в низине, у подножия холма, или тому, кто занимался сплавом леса, перевозкой грузов вниз по реке. Менее вероятная, но возможная версия — связь с арабским именем Индирас (редкая форма), которое через народную этимологию могло превратиться в Ендиряк.

Суффикс -як (вместо более привычного -ак или -ек) — характерная черта для некоторых тюркских диалектов, особенно в Поволжье и Приуралье. Он придаёт основе уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок, что типично для прозвищ. Фамилия Ендиряков, таким образом, — не от крестильного имени, а от бытового, уличного прозвания, которое закрепилось за родом.

Судя по окончанию на -ов, фамилия прошла русификацию в XVIII–XIX веках, когда крещёные татары и башкиры массово получали фамилии по отцу. Носители фамилии Ендиряков исторически концентрируются в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — регионах, где веками жили тюркские народы. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном характере: скорее всего, она восходит к одному роду из конкретной деревни или аула.