Фамилия Эндрухин — редкий пример, в котором за русским суффиксом -ин скрывается нерусская, скорее всего, польская или западнославянская основа. В отличие от привычных фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин обычно указывает на принадлежность к чему-то или кому-то: «чей?» — Эндрухин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Эндруха.

Ключ к разгадке — имя Эндруха. Это просторечная, уменьшительно-ласкательная форма от польского имени Анджей (польск. Andrzej), которое соответствует русскому Андрей. В польском языке имя Анджей через ряд диалектных сокращений дало формы типа Jędruś, Jędrek, а в русской записи они могли звучать как Эндрух, Эндруха. Фонетическое превращение «Андрей» в «Эндрух» объясняется тем, что в польском языке начальное «а» в некоторых говорах переходило в «е» или «э», а суффикс -ух (-uch) — типичный для западнославянских прозвищ и имён (ср. Янух, Петрух). Когда носитель такого прозвища переселился на восток, его записали по русской модели: Эндрухин — «сын Эндрухи».

Географически фамилия Эндрухин встречается крайне редко, что подтверждает её позднее и локальное возникновение. Скорее всего, предки носителя фамилии были выходцами из западнорусских земель (современная Беларусь, западные области России) или из бывших польских территорий, где было сильно влияние польской антропонимики. Вероятнее всего, предок Эндрухиных был крестьянином или мещанином — фамилии на -ин с уменьшительным суффиксом в этой среде были нормой, в отличие от дворянских фамилий на -ский.

Таким образом, фамилия Эндрухин — не про «эндрухов» как неизвестное животное или ремесло, а про человека, которого в быту звали уменьшительно от Андрея на польский манер. Это живой след межславянских контактов, застывший в суффиксе.