Фамилия Ендуганова — женская форма фамилии Ендуганов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужского имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Это значит, что предок носительницы фамилии был человеком по прозвищу или имени Ендуган.

Корень фамилии — почти наверняка тюркский. В татарском, башкирском и других тюркских языках слово «ендук» или близкие к нему формы означают «орех» (лесной орех, фундук). Прибавление суффикса -ан даёт значение «ореховый», «относящийся к ореху». Таким образом, Ендуган — это человек, связанный с орехами: либо сборщик, либо продавец, либо тот, кто жил возле ореховой рощи. Не исключено, что прозвище дали за внешность — например, за смуглую кожу, которую сравнивали со скорлупой ореха, или за крепкое телосложение.

В русских документах XVI–XVII веков встречаются служилые татары и новокрещены с подобными прозвищами. Фамилия Ендугановых могла закрепиться в среде поволжских татар или башкир, которые переходили на русскую службу и получали земельные наделы. В таком случае предки носителей фамилии были не крестьянами, а военными или служилыми людьми — так называемыми «служилыми татарами». Позже часть их обрусела, и фамилия распространилась среди русского населения.

Встречается вариант написания с «а» в корне — Андуганов. Это диалектное или канцелярское искажение, которое не меняет смысла основы. Сама фамилия редкая, её географическое ядро — вероятно, Татарстан, Башкортостан, а также Оренбургская и Самарская области, где исторически селились тюркские народы.

Итог простой: Ендуганова — фамилия тюркского происхождения, указывающая на предка, которого прозвали «ореховым» за род занятий или место жительства.