Фамилия Ендуткина — женская форма фамилии Ендуткин, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффикса. В русских фамилиях суффикс -утк- встречается редко: он характерен скорее для прозвищ, образованных от глаголов с помощью экспрессивных формантов. Сравните: «вертун» — «вертутка», «болтун» — «болтутка». В основе Ендуткин лежит слово «ендутка» — так в старину называли непоседливого, суетливого или капризного человека. Глагол «ендить» в диалектах означал «капризничать, упрямиться, привередничать». Человек, которого дразнили Ендуткой, скорее всего, отличался своенравным или беспокойным характером.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с географическим названием. В некоторых говорах «ендута» — это небольшой залив, заводь или глухой ручей. Тогда прозвище могли дать человеку, жившему у такого водоёма. Однако против этой гипотезы говорит активный суффикс -утк-, который в русской ономастике почти всегда указывает на прозвище по действию или свойству, а не на топоним.

Географически фамилия Ендуткин встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Основные записи относятся к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Нижегородской. Это согласуется с диалектной природой корня: слово «ендить» фиксируется именно в севернорусских говорах.

Социальный состав носителей фамилии в XIX веке — преимущественно крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено, что логично: прозвище, образованное от бытового глагола, редко становилось основой для фамилии высшего сословия.

По модели образования фамилия типична: прозвище Ендутка → притяжательное прилагательное с суффиксом -ин → Ендуткин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Енду́ткин. В написании вариантов почти нет: замена «е» на «ё» (Ёндуткин) встречается единично и не меняет смысла.